La révolution genevoise de 1782 mit brutalement fin à ce premier âge d’or. Dans l’élan de la répression qui accompagna le retour du Petit Conseil, l’activité de toutes les sociétés fut suspendue. Le trésorier de la Société des Arts, Etienne Clavière, qui avait été l’un des leaders du coup d’Etat, avait dû d’ailleurs se réfugier à Paris, où il devint en 1792 ministre des Finances.

La flamme pourtant n’était pas éteinte et la Société des Arts connut en 1786 un nouveau départ, étroitement contrôlé, il est vrai, par le gouvernement. Les «comités» furent réorganisés et même démultipliés. De cette seconde époque datent en fait deux innovations remarquables. La Société des Arts se dota d’un organe de presse hebdomadaire, le Journal de Genève, premier du nom, qui diffusa régulièrement, du 4 août 1787 au 30 juillet 1791, outre les relevés quotidiens de l’état du ciel, de la direction du vent, de la température du lac et bien sûr du baromètre, du thermomètre, de l’hygromètre et de l’électromètre, de nombreux articles sur l’actualité scientifique et médicale, les progrès industriels et techniques, l’agronomie, l’économie domestique, la démographie, quasiment tous rédigés par Jean Senebier, Marc-Auguste Pictet, Pierre Prévost, Louis Odier et les autres représentants de l’école et de l’élite éclairée genevoises. D’autre part, la nomination au poste de «seigneur-commissaire» de l’octogénaire François Tronchin des Délices, amateur distingué, protecteur invétéré des artistes et propriétaire de plusieurs collections de tableaux (dont l’une avait été acquise par Catherine II de Russie), eut pour effet de faire entrer pour la première fois les «beaux-arts» dans les préoccupations et les programmes de la Société des Arts. En date du 7 septembre 1789 s’ouvrit sous son égide le premier «salon» de l’histoire de Genève: cette exposition de tableaux présentés par des artistes genevois contemporains attira pendant quinze jours «une foule de spectateurs», sinon de véritables acquéreurs.

Contrairement à ce que l’on pourrait imaginer, la révolution genevoise de 1792 pas plus que la réunion de Genève à la France en 1798 n’interrompirent les activités de la Société des Arts. Le premier préfet du Département du Léman, le rousseauiste Ange-Marie d’Eymar, devint même un membre assidu de la Société, qui reçut après sa mort son portrait copié par Saint-Ours. Cette période demeure pourtant la moins connue de son histoire.